1、保持食品干燥。晒干、风干、烤干、烘干都可减少食品中水分；食品密封保存是防止黄梅天空气环境中水分被食品吸收的好方法。
2、低温保存。霉菌在低温条件下繁殖速度会减慢，所以可以把食品放到冰箱里去。由于冰箱是一种特殊的，故而既有保持低温，又有干燥的双重作用。
3、通风。保持米、面粉等食品储存处的通风也可大幅度降低霉菌产毒的数量。
如果家中的食物长了霉菌，用加热的方法杀菌是不科学的，因为霉菌毒素化学及物理稳定性较强，耐高温、耐持久、耐加工过程中的各种处理，因此简单的处理加工及烹饪很难消除霉菌毒素对畜禽和人类的危害，残余的霉菌毒素依旧会对人体造成危害。发霉的粮食不能吃，也不要用它喂家禽家畜，以免人、禽、畜中毒或致癌。
霉菌一般是好气性微生物，生长繁殖需要有氧气的环境。瓶（罐）装食品通常采用的防霉方法有以下几种：灭菌后，真空保存或保存于缺氧或充氮、充二氧化碳的容器中；加入脱氧剂；将食物夯实，进行脱气处理；加入油，形成食品与空气的隔离层等等，这些都可以防止大多数霉菌繁殖。另外降低温度，降低水分活度，提高糖、盐浓度，也可以起到防止霉菌生长繁殖的作用。