任何的食物，在食用的时候，都需要注意搭配问题，搭配不仅仅是让食物更加的美味和营养更加的均衡，更多的是避免了食物的食用禁忌。对于苦瓜来说，是一种很常见的食材，但是大家并不知道食用禁忌是什么，这也和饮食习惯有很大的关系，因为日常饮食中，很少会出现不合理的搭配。
苦瓜中含有较多的草酸，草酸能与食物中的钙结合，影响人体对钙的吸收。若长期大量食用苦瓜，会导致钙质缺乏症。因此，苦瓜是不宜多吃的。为了克服苦瓜的这一缺点，在烹调苦瓜前，最好先把它切好，在沸水中浸泡一下，这样可以除去部分草酸，使其不良反应大为减少。
苦瓜含有一种叫“多肽—P”类似胰岛素的物质，具有降糖的功能，因而，患有低血糖的人群不宜长期大量食用苦瓜；
苦瓜熟食性温，生食性寒，因此脾虚胃寒者不应生吃。一般来说儿童的肠胃功能较弱，长期大量食用苦瓜会影响儿童的食欲。
苦瓜内含有奎宁，奎宁具有刺激子宫收缩，引起流产的副作用。所以有人主张，孕妇不宜吃苦瓜。虽然奎宁在苦瓜中的含量很少，孕妇适量吃点并无无碍，但是，为了慎重起见，孕妇还是少吃苦瓜。
苦瓜能泄去心中烦热，排除体内毒素。苦瓜最好的吃法还是凉拌。凉拌能够很好地保留苦瓜中所含有的维生素。如果用清炒的方法，会使这些维生素在清炒的过程中大量丢失，而且清炒后油的含量比较高，人们食用后会摄入较多的油脂，不能起到清凉败火的作用。
常吃苦瓜能增强皮层活力，使皮肤变得细嫩健美。用鲜苦瓜捣汁或煎汤，对肝火赤目、胃脘痛、湿热痢疾，皆为辅助食疗佳品；取鲜苦瓜捣烂外敷，可治疗痈肿、疖疮；夏天小儿易患痱子，将苦瓜切片试擦身上的痱子，可早日痊愈；苦瓜煮水或作美食，可散热解暑。