一、身份不同
α-亚麻酸是DHA的母体。进入人体后，在酶的催化下，转化成EPA和DHA。
二、性质不同
医学上称α-亚麻酸为人体必需脂肪酸，而DHA不是。人体必需脂肪酸对人体生命特别重要，而人体自身不能合成，必需从外界补充。由此可见，两者对人体的重要性和补充的必要性存在很大差异。
三、来源不同
α-亚麻酸多来自植物油，不含任何胆固醇，且纯度高，而DHA是从深海动物主要是深海鱼油中提取，是深海动物吃含有α-亚麻酸的海藻后代谢成含有DHA和EPA的脂肪，然后经过化学方法提取而成的。目前市场上DHA产品纯度不高，且含有胆固醇和大量饱和脂肪酸，同时受海洋污染的影响，含有重金属汞。
四、作用不同
DHA是大脑细胞的重要部分，但单独使用作用单一，又由于个体的差异，人体所需DHA的量有所不同，直接补充DHA有可能干扰人体的本身固有的代谢过程。而α-亚麻酸通过肝脏代谢成EPA和DHA，其量可根据人体代谢需要由肝脏调整，因而不会干扰人体固有的代谢过程。此外，其本身具有降血脂血压促进智力发育等诸多功能，对人体的好处远远大于单独补充DHA。更重要的是，EPA其免疫调节剂和炎症反应的作用，对人体是不可或缺的，尤其是孕产阶段。美国妊娠协会指出：适量的EPA可以保护孕妇的心脏，有助于预防阵痛和分娩，降低先兆子痫的风险，增加婴儿的出生体重。
五、吸收率不同
α-亚麻酸是植物油脂，与人体亲和力强，易于吸收，而DHA属动物肝脏，人体不易吸收。
六、使用人群不同
α-亚麻酸适用于所有人群，而有些DHA产品孕产妇不宜。