白果去芯的时候需要将白果煮熟，然后再对半切开，看到芯芽之后需要用手剃掉，白果被煮熟之后也可以将壳剥掉，然后再使用牙签顺着宽头一端最中心的位置使用牙签穿过，可以将内芽带出。
在给白果去芯的时候首先需要煮熟，主要是将白果放到开水当中，煮熟后可以将壳剥开，剥开之后会将里面的白果衣去除掉，随后会有芯牙露出来，一般需要将大头朝上，然后再将白果芯挤出来，也可以使用牙签将白果芯剔出来，白果芯被去除之后会有一个圆形小洞。将白果煮熟之后也可以使用刀将白果切开，切开之后可以直接看到里面的新芽，用手去掉即可，不需要特殊的处理，但是在煮熟的时候一般需要加大火，主要是将白果煮透，可以将白果当中的大部分毒素破坏掉，能避免出现白果中毒反应，前期也可以使用清水浸泡一个小时左右，然后再煮熟。
白果芯当中有少量的白果酚甲，其中还包括氢苷等物质，都属于比较常见的毒素，如果在吃的时候过多可能会导致中毒，比如呕吐或者是发热，重的会有呼吸衰竭和死亡。