巴郡所辖的地区今天分属重庆市和四川省部分地区。
巴郡常与巴东郡、巴西郡等合称“巴”、“三巴”等。巴郡也与蜀郡合称“巴蜀”，至今仍是对重庆（巴渝）、四川（蜀川）两地区的别称。
巴郡辖14城：江州、宕渠、朐忍、阆中、鱼复、临江、枳、涪陵、垫江、安汉、平都、充国、汉昌等。东汉初平元年（190年），安汉令赵颖提议分巴郡为三郡：垫江以上为巴郡，治安汉；江州以下为永宁郡；朐忍以下为固宁郡。东汉兴平元年（194年），益州牧刘璋将巴郡一分为三：垫江以北为巴郡，江州至临江（今重庆忠县）为永宁郡、朐忍（治今重庆云阳县）至鱼复（治今重庆奉节县）为。
建安六年（201年），永宁郡复称巴郡，郡治江州县。建安六年（201年），鱼复令蹇允争巴名，刘璋改永宁郡为巴郡， 固陵郡为巴东郡，巴郡为巴西郡，这就是“三巴”的来源。