1、芒果褐变 ，芒果的外果皮中带有多酚氧化酶类，当芒果在运送全过程中遭受挤压成型，或是在存储时历经了冷藏，其內部体细胞会损坏，体细胞内的酚类物质被氧化为深褐色的醌类化合物释放出，在表皮上便会出現灰黑色的黑斑，这类状况称之为芒果褐变。
2、黑斑病 ，芒果细菌感染黑斑病也是一种常见疾病，一样会使芒果出現黑色斑。这类黑色斑可能出現在芒果的枝干、落叶、果柄及果子上，果子上的病斑前期呈水迹状，然后转灰黑色，突起，呈星状裂开。假如这一病虫害产生在芒果採摘前，只影响芒果的色香味俱全，而瓜瓤则一般不会受到影响。