二者区别的说法一
最明显的区别就是两者锌的含量。每生蚝含锌71.2mg，而同样重量的牡蛎含锌只有9.39mg，因此生蚝是普通牡蛎的7.6倍。
牡蛎又称蛎蛤、牡蛤、蛎黄、海蛎子、蚝子等。在不同的海域生活着多个牡蛎品种，大连地区的牡蛎是“大连湾牡蛎”，呈类三角形，背腹缘呈八字形，右壳外面淡黄色，具疏松的同心鳞片，鳞片起伏成波浪状，内面白色。
生蚝是牡蛎品种中个头比较大的一种，个头大的带壳的就能在以上，它一般是生长或者是养殖在江河与大海交融之处，在半咸半淡的内湾浅海上。由于适合生长条件的限制，它的数量上比其它品种的少，因此它的经济价位一般比较高。
二者的区别说法二
按两广沿海的说法，牡蛎和生蚝是两种完全不同的东西，牡蛎较小，生长在海边的机礁石或其他硬物上，要用小锄挖开才能取其肉，其肉大多是淡青色;而生蚝一般称“大蚝，”其肉白色，有野生和人工养殖的，其壳和肉都较大，可煮可炸可烤，常见的烧生蚝就是此物。