秸秆还田补助审核程序是按照自愿申报、村级公示和县级结算的要求组织实施。作业方自愿申报作业面积，作业结束后农户书面确认，经村级公示、镇区级汇总以及第三方核查后，并在县农业网上进行公示，由县级财政部门与作业方直接结算。分夏季、秋季，按作业技术路线和作业标准实施秸秆机械化还田作业后，由农户对作业地点、作业面积、作业质量进行评价确认，并在《秸秆机械化还田作业确认单》上签字。作业结束后，作业方填写《秸秆机械化还田作业补助资金申请表》，并附上《秸秆机械化还田作业补助政策告知书》《秸秆机械化还田作业确认单》，及时提交镇区农业中心，镇区农业中心按村进行审核汇总，并由镇区政府组织村级公示7天以上，接受群众和社会监督，公示有异议的，改正后要再公示。