1、经营模式不同：京东自营是京东公司自己经营的店面。从品牌厂家进货到京东仓库，然后在京东平台销售给消费者。而京东官方旗舰店是各大品牌商家借助京东平台销售自家产品，犹如商场里的小店面。
2、发货方和收获时常不一样：京东自营一般使用自己的京东物流，发货快，送货速度也快；而京东官方旗舰店则是由品牌发货，要先从品牌仓库调货，发货和运输、配送时间较长。
3、仓储不一样：京东自营的产品都是储存在京东自己的仓储中心里面，自营产品相当于京东从供应商那里购买来的商品，京东自己在平台上售卖。而京东官方旗舰店，是由各个商家在京东平台上面开的店铺，实际上还是各个商家在运营，而商品也是储备于商家自己的仓库里面。
4、销售模式不同：京东自营的模式是B2B（厂家卖给京东）然后B2C（京东再卖给消费者）。品牌方开的旗舰店的模式是B2C（由厂家卖给消费者）。
5、商品属性不同：京东的自营商品，好比大型超市，统一进货。旗舰店好比却是大超市里一些柜台租给一些品牌商家自己经营。
6、物流不同：京东自营的物流是京东物流，发货速度快，有问题也可以上门取件更换。官方旗舰店一般是入驻商家，有少部分会使用京东自营，但大部分发货属于第三方物流。
京东自营店是由京东直接经营管理的电商店铺，自营店的商品由京东自己采购、存储和发货，因此在商品价格、库存、物流、售后等方面具有一定的控制和优势。自营店还可以提供更加专业的售前、售中、售后服务，如7天无理由退换货、配送时效等，使消费者享受到更好的购物体验。
官方旗舰店是由品牌官方认证的京东店铺，销售的商品均为品牌正品，并且由品牌官方直接管理、发货。官方旗舰店的商品通常价格相对较高，但是也会提供更加专业的售前、售中、售后服务，例如品牌授权的维修、退换货等服务，使消费者能够享受到更加贴心、专业的服务体验。